При написанні автор використав такі фундаментальні видання документів як «Архив Юго-Западной России», «Акты, относящиеся к истории Южной и Западной России», «Памятники, изданные временной комиссией», власні збірники, численні публікації окремих пам’яток і документів. Велику увагу присвятив історик наративним джерелам, починаючи від Геродота й закінчуючи своїм сучасником, нащадком запорожців Коржем. Особливою пошаною автора користуються літописи й хроніки — давньоруські, козацькі, польські. Загалом бібліографія першого тому (першого видання) налічує 170 позицій. Іншим, не менш суттєвим джерелом «Історії запорізьких козаків» були неопубліковані документи з російських та українських архівів, бібліотек, приватних зібрань. Десятки разів обійшов він пішки всі землі Запорізьких вольностей, дослідив усі Січі, кілька разів ламав руки й ноги на порогах, ледь не загинув під час розкопок кургану — і все задля того, щоб відчути й збагнути героїчний дух історії, донести її до читача.